Situato sull’omonimo colle, il Santuario di Nostra Signora di Bonaria, simbolo e cuore spirituale della città. 

Le origini del santuario risalgono al 1324, durante l’assedio pisano mentre la città era sotto il dominio aragonese, Alfonso d’Aragona fece costruire una chiesa sul colle di Bon Ayre, così chiamato per l’aria salubre che vi si respirava. 

Nel 1335, la struttura fu affidata ai Padri Mercedari, che tuttora custodiscono il complesso. Ma è il 25 marzo 1370 la data che segna l’inizio della leggenda, una cassa gettata nel mare in tempesta da una nave spagnola approdò misteriosamente sulla riva ai piedi del colle. Al suo interno, vi era una statua della Madonna con il Bambino e una candela ancora misteriosamente accesa. Poco dopo la tempesta si calmò, questo avvenimento fu interpretato come segno divino e da allora la Vergine di Bonaria divenne protettrice dei navigatori e poi, nel 1907, Patrona massima della Sardegna per volontà di Papa Pio X.

Il santuario è composto da due edifici principali, il più antico, in stile gotico-catalano, conserva il simulacro ligneo miracoloso e a pochi metri si erge la Basilica, iniziata nel Settecento ma completata solo nel 1926, realizzata in stile neoclassico possiede una cupola che svetta a oltre 50 metri. Al suo interno si alternano marmo, stucchi e vetrate colorate, mentre sotto l’altare maggiore riposano i resti di alcuni nobili e di frati Mercedari.

Annesso al complesso si trova il Museo del Santuario, scrigno di molti modelli di navi e reperti archeologici provenienti dalle antiche necropoli del colle. Ogni anno numerosi pellegrini visitano Bonaria, soprattutto per lecelebrazioni del 25 marzo.

Bonaria rappresenta una meta turistica ma anche un luogo di preghiera che ha accolto numerosi Pontefici, da Paolo VI a Papa Francesco, confermandosi centro vitale della spiritualità isolana.