Era il 7 maggio 2015 quando il 28enne si allontanò di casa a bordo dell'auto del padre per non farvi più ritorno. Le indagini e le vicende giudiziarie volte a far luce su quell'evento hanno legato la sorte del giovane goceanino a uno dei casi di cronaca più efferati degli ultimi decenni in Sardegna.

Secondo quanto ricostruito dai processi, infatti, Masala fu ucciso dal compaesano Paolo Pinna, minorenne all'epoca dei fatti, in concorso col cugino di quest'ultimo, l'ozierese Alberto Cubeddu (all'epoca 18enne). I due si appropriarono dell'auto dei Masala per recarsi a Orune dove la mattina seguente assassinarono anche lo studente Gianluca Monni. Col giovane orunese, freddato mentre era in attesa del bus per andare a scuola, in passato avevano avuto uno screzio. Pinna e Cubeddu sono stati condannati rispettivamente a 20 anni di reclusione e all'ergastolo. Il corpo di Stefano non è mai stato ritrovato.